Hasta los sistemas más elegantes de la naturaleza pueden tener imperfecciones. También existen muchísimos tipos de afecciones humanas que surgen porque el sistema inmunitario funciona de formas inesperadas o incorrectas que causan problemas. Un tipo de error se denomina autoinmunidad. Si una persona tiene la enfermedad autoinmune, el sistema inmunitario ataca equivocadamente a las células, los tejidos y los órganos del organismo de esa persona, de la misma forma que atacaría a un germen en circunstancias normales. Dos enfermedades comunes se deben a errores del sistema inmunitario. La dabetes juvenil se origina porque el sistema auto inmune ataca y elimina las células de páncreas que producen insulina. La artitris reumatoide es consecuencia de que el sistema inmunitario ataque a los tejidos dentro de las articulaciones. Otros desórdenes autoinmunes pueden ser: esclerosis múltiple, lupus y la enfermedad de Crohn.
Las alergias son otro tipo de error del sistema inmunitario. Por algún motivo, en las personas con alergias, el sistema inmunitario reacciona fuertemenete frente a un alergeno que debería ser ignorado. El alergeno puede ser cierto alimento, o un tipo de polen, o un cierto tipo de pelo animal. Por ejemplo, una persona alérgica a cieto polen puede experimentar rinorrea, ojos llorosos, estornudos o incluso ronchas.
